Fueron sus padres don Pedro Agustín Prat Barril, de antiguos ancestros en la villa de Santa Coloma de Farnés, corregimiento de Gerona, en la región de Cataluña, en España, y doña María Luz Rosario Chacón y Barrios, hija de don Pedro Chacón y Morales, propietario de la hacienda y de doña Concepción Barrios.
Por enfermedad de don Agustín, la familia se trasladó a Santiago, radicándose en una propiedad agrícola que poseía don Pedro Chacón y poco después instaló su domicilio en la calle Nueva de San Diego. (Llamada hoy día Arturo Prat).
En 1856 el niño Arturo ingresó a una escuelita inaugurada ese año en la misma calle, que tenía una torre con una campana para llamar a clases y por ello se le conocía como la "Escuela de la Campana". Era dirigida por el visitador general don Bernardo Suárez y el subdirector, el normalista don Eliseo Otaíza.